El Departamento del Tolima se ubica en el puesto 15 sobre las Regiones Colombianas con mayor biodiversidad, contando con unas importantes zonas eco sistémicas, que incluyen una amplia variedad de parques naturales, ecosistemas estratégicos, amplias zonas hidrográficas, áreas protegidas y una incalculable biodiversidad en flora, fauna, incluidas las comunidades indígenas asentadas en nuestro territorio, sin embargo se han presentado exploraciones en áreas Naturales.
Por otro lado, se cuenta con ecosistemas estratégicos importantes dentro del Tolima, (1) pero algunas personas por desconocimiento de su importancia o por las actividades agropecuarias que desarrollan en cada municipio no las conservan, llevando a la degradación, generando un impacto ambiental negativo, siendo estos:
Humedales: Se han identificado 655 (turberas, lagos y lagunas) en zona de páramo, en un área de 4.616,73 hectáreas, principalmente en 11 municipios: Villahermosa, Murillo, Santa Isabel, Anzoátegui, Ibagué, Rovira, Roncesvalles, San Antonio, Chaparral, Rioblanco y Planadas, y en los tres
Parques Nacionales Naturales (Los Nevados, Las Hermosas, y Nevado del Huila).
Páramos: El Tolima representa el 27.68% de los páramos de Colombia, con una extensión de 315 mil 605 hectáreas, superficie que corresponde al 13% del área del Departamento. Estos se distribuyen en 14 municipios, es decir el 29.78% del total del Tolima: Herveo, Casablanca, Villahermosa, Murillo, Santa Isabel, Anzoátegui, Ibagué, Cajamarca, Roncesvalles, Rovira, San Antonio, Chaparral, Rioblanco y Planadas.
Bosque seco tropical: El segundo ecosistema en el Tolima en área, es el Bosque Seco Tropical con el 20.08% del área del Departamento (482 mil 219 hectáreas). Es un ecosistema utilizado en el Tolima como suministro de especies arbóreas de uso antrópico, dentro de estas especies encontramos el Matarratón, Carbonero, Guayacanes, Saman, Jobo, Vara Sant, entre muchas otras.
Bosque muy húmedo Premontano: El primer ecosistema en el Tolima en área es el Bosque muy Húmedo Premontano con el 20.36% del área del Departamento (488 mil 921 hectáreas). Es un ecosistema rico en especies muy representativas para el equilibrio ecológico.
(1) Nuevo día (http://www.elnuevodia.com.co/nuevodia/especiales/dia-del-tolima/253653-
Parques naturales. Tolima cuenta con tres Parques Nacionales Naturales (Los Nevados, Las Hermosas y Nevado del Huila); con los cuales se busca asegurar la preservación y conservación de una parte de la diversidad biológica del Departamento.
Hidrografía. El Departamento del Tolima posee 18 Cuencas Mayores, y son las siguientes: de Norte a Sur son Guarinó, Gualí, Sabandija, Lagunilla, Recio, Venadillo, Totare, Opia, Coello, Sumapaz, Luisa, Saldaña, Chenche, Prado, Anchique, Los Ángeles, Cabrera y Patá.
Áreas protegidas. En cumplimiento al Decreto 2372 de 2010, fueron homologadas 48 de las reservas declaradas en años anteriores, en la categoría de Reservas Forestales Protectoras Regionales, para lo cual fueron nucleadas en 28 áreas que cubren una extensión de ocho mil 765 hectáreas. La importancia de estas reservas radica, en términos generales, en conservar los últimos fragmentos de bosque que existen en los Municipios de Alvarado, Anzoátegui, Ibagué, Murillo, Palocabildo, Prado, Roncesvalles, Rovira, Venadillo y Villahermosa.
Biodiversidad indígena. Los municipios con presencia de comunidades indígenas son: Ataco, San Antonio, Coyaima, Ibagué, Guamo, Chaparral, Planadas, Rioblanco, Rovira, Saldaña y Ortega. Esta población indígena se ve reflejada en el Departamento con un porcentaje de 3.28 por ciento, respecto a la población indígena nacional.
En el Tolima se encuentran 98 especies de mamíferos, que corresponden a un 20.46%; en aves se encuentran 523 especies con un 27,48 de representatividad;
104 especies de reptiles, lo que equivale a un 17.86%; en lo que se refiere a anfibios, tiene 98 especies que equivalen a un 12.84%; y para finalizar, los peces representan el 7.37% con un total de 113 especies.